Ylintä päätöksentekovaltaa Vaasan yliopiston ylioppilaskunnassa käyttää 30 jäseninen edustajisto. Edustajisto valitaan joka toinen vuosi vaaleilla. Vaaleissa voivat äänestää ja asettua ehdolle kaikki ylioppilaskunnan jäsenet. Seuraavat edustajistovaalit pidetään syksyllä 2009.

Edustajiston tehtävänä on mm. valita ylioppilaskunnan hallitus, pääsihteeri ja Vaasan ylioppilaslehden päätoimittaja. Edustajisto päättää ylioppilaskunnan jäsenmaksusta sekä vahvistaa ylioppilaskunnan toimintasuunnitelman, toimintakertomuksen talousarvion ja tilinpäätöksen. Edustajisto myös nimittää ylioppilaskunnan edustajat niihin yliopiston tai yliopiston ulkopuolisiin päätöksentekoelimiin, joissa ylioppilaskunnalla on pysyvä edustus.

Toimeenpano- ja hallintovaltaa ylioppilaskunnassa käyttää edustajiston vuosittain valitsema hallitus. Hallituksen alaisuudessa toimii asioiden valmistelua ja toimeenpanoa varten valiokuntia, joita johtavat hallituksen jäsenet. Valiokuntatyöskentely on avointa kaikille ylioppilaskunnan jäsenille. Hallinnoijien edustajat pyrkivät osallistumaan valiokuntiin ja tuomaan hallintotieteiden opiskelijoiden näkökulmia esille. Valiokunnista saa lisää tietoa VYY:n sivuilta osoitteesta: www.vyy.fi.

Valiokuntien lisäksi ylioppilaskunnassa toimii hallituksen asettamia jaoksia, jotka toteuttavat muuta ylioppilaskunnan toimintaa. Myös jaosten toiminta on avointa kaikille ylioppilaskunnan jäsenille. Jaokset ovat ESN-jaos eli Erasmus Student Network, kehitysyhteistyö- ja ympäristöjaos sekä liikuntajaos. Luottamushenkilöiden lisäksi ylioppilaskunnassa toimii sihteeristö sekä tilapäisiä työntekijöitä, kuten projektihenkilöitä. Työntekijät vastaavat oman toimialueensa asioiden hoidosta ja valmistelusta hallitukselle ja edustajistolle.

Ylioppilaskunnan päätöksentekoelinten ohella toimii ylioppilaskunnan johtoryhmä, johon kuuluvat vastaavat toimihenkilöt, hallituksen puheenjohtaja, rahastojen hoitokunnan puheenjohtaja ja edustajiston puheenjohtajisto. Johtoryhmällä ei ole päätösvaltaa, vaan sen tehtävänä on seurata ylioppilaskunnan taloutta, hallinnon ja organisaation sekä sääntöjen toimivuutta. Johtoryhmä voi antaa ylioppilaskunnan toimielimille suosituksia ja lausuntoja tehtäviinsä kuuluvissa asioissa.